Сергей проработал в этом театре 10 лет, сыграв десятки ролей в спектаклях, самыми запоминающими стали: «Эти свободные бабочки» и «Женитьба Белугина». Примерно в это время Сергей Пускепалис удостоился звания «Заслуженный артист России». Однако Сергей мечтал о карьере режиссера и в конце 90-х он поступил в ГИТИС на факультет режиссуры под руководством Петра Фоменко. Его дипломным спектаклем стала постановка по пьесе Алексея Слаповского «Двадцать семь». Его высоко оценили зрители и критики и он попал на фестиваль «Балтийский дом».
Следующая постановка режиссера Сергея Пускепалиса вышла спустя шесть лет в 2007 году под названием «От красной крысы до зеленой звезды» в омском экспериментальном театре. 
Сергею поступало огромное количество предложений о сотрудничестве от различных театров страны, так он работал в театре Олега Табакова и Мастерской Петра Фоменко, на Камчатке представил спектакль «Жизнь прекрасна», проработал четыре года в Магнитогорске в драматическом театре в должности главного режиссера, поставив спектакли «Сирена и Виктория», «Володя», «Любовь к ближнему», «Исполнитель желаний», «Козий остров» и др. Пожил два года в Ярославле, на сцене которого зрители увидели пьесы «Три сестры», «С любимыми не расставайтесь». В 2018 году Сергей вернулся в Москву в МХАТ.
Что касается кино, то Сергей впервые показался на экране в 2003 году в эпизодической роли в фильме «Прогулка». Предложение сняться в других картинах он получил благодаря своему сыну. Сергей пришел к нему на съемочную площадку, где познакомился с режиссером Алексеем Попогребским, который и предложил ему главные роли в его фильмах «Простые вещи» и «Как я провёл этим летом». За оба фильма Сергей получил призы, зрительскую любовь и восторженные отзывы критиков. Следующие работы не заставили себя долго ждать: «И не было лучше брата», «Жизнь и судьба», «Метро», «Защита свидетелей» и многие другие.
Участие в проектах подтолкнуло Сергея самому выступить в качестве режиссера, в 2015 году вышла в свет сюрреалистичная драма «Клинч» с Алексеем Серебряковым в главной роли. В 2019 году он активно снимался в трех сериалах Idealist», «Трейдер» и «Холодные берега». На счету Сергея Пускепалиса более 70 картин, в том числе «Сердце Пармы» Антона Мегердичева, «Шифр» Веры Сторожевой, «А у нас во дворе» Ольги Музалевой, «Частица вселенной» Алены Званцовой, «Битва за Севастополь» Сергея Мокрицкого, «Жизнь и судьба» Сергея Урсуляка и другие.
Сергей Пускепалис был полон грандиозных творческих планов касаемых съемок и режиссуры, однако 20 сентября 2022 года он погиб в ДТП на трассе М-8 в Ярославской области, его автомобиль столкнулся лоб в лоб с фурой.

Сергей Пускепалис был дважды женат. Его первой женой стала его коллега актриса саратовского театра Эльвира Данилина. Эта была очень красивая пара, но их союз вскоре распался. Как призналась в одном из интервью сама Данилина: «Просто мудрости тогда нам не хватило».
Со второй женой Сергей познакомился в Железноводске в местной театральной студии. Елена геолог по профессии посетила одну из постановок, так завязалось их знакомство. Свадьбу молодые люди сыграли в 1991 году, а в 1992 у них родился сын Глеб, который пошел по стопам отца и будучи десятилетним мальчиком сыграл главную роль в фильме «Коктебель».