Елена дебютировала в кино, будучи студенткой ГИТИСа. Она снялась в фильме «Двое под одним зонтом», сыграв цирковую артистку Леру. Однако съемок в этом фильме для актрисы могло и не быть: «Меня позвали на пробы к ленте «Двое под одним зонтом» на Одесскую киностудию. Приезжаю «на место» и, конечно, направляюсь прямиком на пляж – так сказать «подзагореть» захотелось. Полежала под солнцем всего часик, встаю – вся красная, как рак. Тогда же еще не было солнцезащитных кремов. И когда пришла на киностудию, я даже не могла одежду надеть – все жгло беспощадно. Спасибо режиссерам, что несмотря на это меня все равно утвердили».
Закончив ГИТИС в 1984 году, Яковлева стала актрисой театра «Современник» и в этом же году дебютировала на его сцене в спектакле «Двое на качелях», затем были и другие работы актрисы: «Три сестры», «Навеки девятнадцатилетние» и «Близнец».
В 1986 года Елена приняла приглашение от Московского театра имени Ермоловой и ушла из «Современника» туда. В этом театре она проработала три года, с ее участием вышли постановки «Костюмер», «Снег недалеко от тюрьмы» и «Прощай, Иуда». Но Современник оказался любовью всей ее жизни и в 1989 году она вновь играла на сцене этого театра.
Работая в театре, Яковлева принимала приглашения на съемки в различных картинах. Огромный успех ей принесла роль проститутки Тани Зайцевой в фильме Петра Тодоровского «Интердевочка». За эту роль актриса стала лауреатом премии «Ника».
После этого на Елену посыпались как из рога изобилия предложения от других режиссеров, однако свои лучшие роли она сыграла только у Петра Тодоровского: «Анкор, еще Анкор!», «Чудная игра», «Ретро втроем», «Лестница», «Сердце не камень». Персонаж, созданный актрисой в фильме «Интердевочка», долго преследовал Яковлеву, Елена смогла его перебороть, согласившись сыграть роль майора милиции Анастасии Каменской в одноименном сериале. Сериал настолько полюбился зрителям, что было отснято шесть сезонов. Яковлева очень тепло отзывается от своей героине: «Для меня этот сериал, снимающийся уже десять лет, стал по-настоящему родным. И так легко выбросить его из жизни я не могу. Тяжело это. И как я себя внутренне ни настраивала, что у меня сейчас приличная загруженность, я не голодаю и спокойно могу дождаться какой-то своей, новой роли, которая пополнит мой звездный список: „Интердевочка“, „Каменская“ и... еще что-то, — но тем не менее поняла: с этим куском жизни, связанным с моей Настей, я не могу расстаться».
В 2013 году Елена воплотила образ Ванги в сериале «Вангелия», раскрыв суть и характер известной прорицательницы. В 2016 году она запомнилась ролью жены капитана Зинченко, которого сыграл Машков в картине «Экипаж», а в 2017 году сыграла бесподобную Бабу-ягу в доброй комедии «Последний богатырь». Во второй и третьей картине она также продолжила сниматься в этом образе. В этом же году она появилась в шестом и последующих сезонах сериала «Склифосовский».
2022 год запомнился для зрителя фильмом «Чебурашка», где Елена Яковлева сыграла бизнесвумен Римму, которая во всем потакала своей внучке, и сама, к тому же, имела вредный характер.

Летом 2023 года на одном из фестивалей в Выборге был представлен проект Антона Коломееца «Свет», в ней актриса сыграла роль соцработника, которая ухаживает за пожилыми. Картина показывает становление молодой девушки Тани в ответственную и серьезную даму Татьяну Сергеевну.
Также Елена Яковлева вернулась к полюбившейся всем роли Бабы-Яги в картине «Финист. Первый богатырь».
Чуть позже актриса приняла участие в съемках уже 11-го сезона сериала «Склифосовский».

С первым супругом Сергеем Юлиным актриса познакомилась, будучи студенткой театрального института, их брак продержался всего полгода. 
Со вторым избранником Елена познакомилась в театре «Современник». Им стал актер Валерий Шальных. Пара сыграла свадьбу в 1990 году, прожив 5 лет вместе до официальной церемонии. А в 1992 году у них родился сын Денис.